Tiền thân của trường THCS Lệ Ninh là trường cấp I –II Nông trường Lệ Ninh. Năm học 1967-1968, trường cấp I- II Nông trường Lệ Ninh có 05 lớp với 67 học sinh, trường được đóng tại đội 5 Nông trường Lệ Ninh. Trong thời gian này, một số học sinh của trường cùng với học sinh toàn tỉnh phải sơ tán ra Bắc theo kế hoạch K8 của TW Đảng và cho đến năm 1973 khi hiệp định Pa-ri được kí kết, một số học sinh Nông trường Lệ Ninh sơ tán trở về; trường tiếp tục được phát triển  trên quê hương mình với tên gọi mới: Trường phổ thông cơ sở Lệ Ninh, đóng tại Đội Xây dựng- Nông trường Lệ Ninh. Đến năm học 1992-1993, trường PTCS Lệ Ninh  lại được sáp nhập với trường Trung học VH-VL Nông trường Lệ Ninh và có tên gọi mới: Trường cấp 2-3 thị trấn Nông trường Lệ Ninh, được đóng trên địa bàn thôn Liên Cơ. Trải qua bao nhiều năm thay đổi do chiến tranh, rồi sáp nhập với nhiều tên gọi khác nhau, cho đến ngày 12/01/1999 trường được chính thức mang tên trường THCS Lệ Ninh theo Quyết định của UBND tỉnh Quảng Bình.

Từ những năm mới thành lập, trong điều kiện chiến tranh, trên bom dưới đạn, trường lớp đơn sơ, nhà tranh, vách đất… được sự quan tâm của Đảng, Nhà nước và Bộ Giáo dục, một lực lượng giáo viên được đào tạo chính quy, đầy nhiệt tình và trí tuệ từ mọi miền  quê khác nhau đã được điều động vào chi viện cho Nông trường quốc doanh Lệ Ninh. Hình ảnh những người thầy như Thầy Võ Quang Liêu (Thừa Thiên Huế), Thầy Quảng Trọng Hùng (Quảng Nam); Thầy Nguyễn Hữu Chất…. những nhà giáo tiêu biểu cho một thế hệ thầy cô trong kháng chiến chống Mĩ đã từng lăn loonjm vượt qua mưa bom bão đạn ác liệt của chiến tranh, bám trường. bám lớp đem ánh sáng của trí tuệ, nhiệt huyết cách mạng truyền thụ cho học sinh mãi mãi là những tâm gương sáng ngời, mẫu mực. Chính từ mái trường này, dưới sự dạy dỗ của thấy cô, bao thế hệ học sinh đã trưởng thành và đóng góp công lao to lớn cho đất nước.

Với những cố gắng vượt bậc và thành tích đã đạt được, năm 2004, trường đã được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia bậc THCS giai đoạn 2001 -2010. Đây là trường THCS đầu tiên đạt chuẩn quốc gia trên mảnh đất Lệ Thủy anh hùng. Đước công nhận trường chuẩn quốc gia, đó không chỉ là niềm tự hào của thầy trò trường THCS Lệ Ninh, của ngành Giáo dục Lệ Thủy mà đó còn là hành trang quý báo để thầy trò tiếp tục sự nghiệp trồng người ở nơi đây.

Trong những năm gần đây. song song với giáo dục đạo đức, nhà trường chăm lo đúng mức về chất lượng văn hóa. Đổi mới phương pháp dạy học đã được giáo viên thực hiện khá tốt. Giờ dạy và học trên lớp thật sự đã kết hợp nhuần nhuyễn giữa sự hướng dẫn của thầy, sự chủ động làm việc tích cực của trò nên chất lượng đại trà đạt cao, ổn định.

Mũi nhọn học sinh giỏi, năng khiếu được nhà trường coi trọng, quan tâm. Chất lượng học sinh giỏi, năng khiếu nó thể hiện tầm nhìn, lòng tự trọng, danh dự, năng lực trí tuệ, tâm huyết của Ban giám hiệu và giáo viên bồi dưỡng. Đội ngũ nhận thức đúng, trăn trở, chăm lo, có quyết tâm cao nên kết quả bồi dưỡng học sinh giỏi, năng khiếu đạt khá tốt. Trong những năm gần đây, chất lượng HSG, HSNK của nhà trường đã có nhiều tiến bộ vượt bậc. Năm học 2020 - 2021, cấp huyện đạt 04 giải đồng đội; 20 giải cá nhân, 02 giải cá nhân cấp tỉnh. Năm học 2021 - 2022, cấp huyện đạt 07 giải đồng đội; 25 giải cá nhân, 02 giải cá nhân cấp tỉnh. Năm học 2022 - 2023, cấp huyện đạt 09 giải đồng đội; 38 giải cá nhân, 05 giải cá nhân cấp tỉnh. Năm học 2023-2024, cấp huyện đạt 09 giải đồng đội, 38 giải cá nhân; 07 giải cá nhân cấp tỉnh. Về năng khiếu TDTT, trường đã đạt nhiều giải cao, nhiều huy chương các loại góp phần cùng với giáo dục huyện nhà dẫn đầu trong các kỳ thi TDTT cấp tỉnh. Năm học 2020 – 2021, tại HKPĐ cấp huyện, trường đạt 08 giải cá nhân; cấp tỉnh có 02 huy chương bạc. Tổng sắp các hội thi năm học 2020 -2021, trường xếp thứ 15/29 đơn vị. Trường được UBND tỉnh tặng danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc. Năm học 2021 – 2022, tại Giải Điền kinh, Bơi lội cấp huyện, trường đạt 05 giải cá nhân; cấp tỉnh có 02 huy chương trong đó có 01 HCV và 01 HCB. Tổng sắp các hội thi năm học 2021 -2022, trường xếp thứ 06/29 đơn vị. Trường được UBND tỉnh tặng danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc, được Chủ tịch UBND tỉnh tặng Bằng khen. Đặc biệt năm học 2022-2023, tham gia Giải Điền kinh, Bơi lội cấp huyện, trường xếp thứ 4/25 trường trong toàn huyện. xếp thứ 4 đồng đội nữ, xếp thứ 8 đồng đội nam, với 09 giải cá nhân trong đó có 01 giải nhất, 03 giải nhì, 05 giải ba. Tham gia Giải TDTT cấp tỉnh, trường có 04 học sinh, kết quả có 04 huy chương trong đố có 01 HCV, 01 HCB và 02 HCĐ. Tổng sắp các hội thi năm học 2022 -2023, trường xếp thứ 02/29 đơn vị được UBND tỉnh tăng thương danh hiệu Tập thể Lao động xuất sắc. Năm học 2023-2024, nhà trường tham gia HKPĐ cấp huyện và xuất sắc đạt được giải nhì toàn đoàn, giải nhất đồng đội nữ và giải ba đồng đội nam với 36 lượt học sinh đạt giải. Tham gia HKPĐ cấp tỉnh nhà trường đạt được 06 huy chương trong đó có 04 HCV và 02 HCĐ. Tổng sắp các hội thi năm học 2023-2024 trường xếp thứ 03/29 trường trong toàn huyện. Năm học 2024-2025, nhà trường đã triển khai các hoạt động, tham gia đầy đủ các hội thi do ngành tổ chức, kết quả đạt được thật đáng khen ngợi: Có 43 giải cá nhân trong đó có 01 giải nhất, 13 giải nhì, 14 giải Ba và 15 giải KK. Giải đồng đội: 07 giải trong đó có 02 giải nhất (Toán 6, Anh 6); 01 giải nhì (Văn 7), 03 giải Ba (Văn 6, Sinh 8, Sử 8); 01 giải KK (Tin 8).Tham gia Giải TDTT cấp huyện, cấp tỉnh đạt kết quả cao. Cấp huyện: Có 27 lượt học sinh đạt giải. Toàn đoàn xếp thứ 09 đạt giải khuyến khích. Cấp tỉnh: Có 03 học sinh dự thi ở 02 nội dung, kết quả có 03 huy chương trong đó có 02 HCV và 01 HCB. Tổng sắp các hội thi xếp thứ 04/29.  

Các hoạt động giáo dục kĩ năng sống, hoạt động trải nghiệm, hướng nghiệp được nhà trường chỉ đạo các tổ chức, đoàn thể chăm lo. Các CLB: Bóng bàn, cầu lông, đá cầu, bóng chuyền, hò khoan Lệ Thủy, câu lạc bộ Tiếng Anh, câu lạc bộ Bơi lội được hình thành và hoạt động tốt. Tham gia các CLB này, các em vừa học, vừa chơi, vừa giao lưu trao đổi kinh nghiệm học tập, sở thích trong cuộc sống phù hợp với sự phát triển của lứa tuổi. Các CLB này không chỉ là sân chơi bổ ích mà còn là môi trường để nâng chất lượng đại trà của trường, tạo môi trường tinh thần thoải mái, sự hào hứng cho cả giáo viên và học sinh.

Hoạt động Đội Thiếu niên tiền phong Hồ Chí Minh là thế mạnh của nhà trường. Trong những năm gần đây, chất lượng các phong trào thi đua của Liên đội được Hội Đồng Đội huyện Lệ Thủy đánh giá là đơn vị dẫn đầu trong toàn huyện. Hội thi Chỉ huy đội giỏi các năm học 2012 -2013, 2017 -2018, 2022 -2023 đơn vị đạt giải nhất cấp huyện, giải nhất cấp tỉnh và được chọn tham gia dự thi cấp quốc gia; năm học 2020 -2021, Liên đội được HĐĐ huyện chọn đại diện cho huyện Lệ Thủy tham gia Liên hoan thiếu nhi tuyên truyền phòng chống đuối nước và đạt giải nhì tỉnh. Ghi nhận những thành tích của Liên đội, Hội Đồng Đội trung ương đã vunh danh và tặng thưởng danh hiệu “Cánh én hồng” năm 2023 cho cô giáo Tổng phụ trách Đội Lương Quỳnh Trang.

Bên cạnh chăm lo chất lượng giáo dục đạo đức, văn hóa và mũi nhọn, lãnh đạo nhà trường đã tích cực tham mưu cho địa phương đầy mạnh củng cố CSVC của một trường đã đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1 và đạt kiểm định chất lượng cấp độ 2. CSVC nhà trường tuy còn nhiều việc phải làm nhưng tin tưởng rằng với sự quan tâm của lãnh đạo thị trấn một ngày không xa, bộ mặt nhà trường sẽ ửng hồng sắc mới trong thời gian tới.